Первая деревянная церковь была построена в 1859 г. Она имела один престол во имя святителя Николая Чудотворца, всё что от неё осталось - чугунная закладная алтарная плита, которая находится сейчас во дворе краеведческого музея. Для строительства новой церкви был образован строительный комитет, который возглавил М.А. Зубов.
Второй храм был заложен в 1896 г. и закончен в 1903 г.
На строительство церкви было выделено Николаем II (1894-1918) 10 тыс. руб., кроме императора выделили деньги и другие жертвователи. Закупленные императрицей и царевной Татьяной (1897-1918) в Санкт-Петербурге священные сосуды, утварь для обустройства алтаря и иконостаса прибыли в Агу только в начале 1905 г.
16 августа 1905 г. состоялось освящение храма.
При церкви в 1884 г. была открыта церковно-приходская школа. Она располагалась в казённом миссионерском доме и содержалась на средства, отпускаемые из Читинского отделения епархиального училищного совета.
В 1930-1932 гг. храм был закрыт, а священники высланы на поселение в Красноярский край. В 1937 г. разрушили колокольню, разобрали главный купол.
В здании был организован кинотеатр, который работал до 1984 г.
26 июня 1990 г. здание храма было передано православной общине. Из города Каменск-Уральского были привезены 6 колоколов, отлитых по заказу Агинской православной общины. Главный колокол Благовестия весит 660 кг, пять других весят от 8 до 90 кг. Найдена единственная уцелевшая икона из старого храма - Казанская Богоматерь.
В июле 2003 г. настоятелем церкви назначен отец Владимир.
Ринчинова Б.Р.,
ведущий библиограф отдела краеведения и библиографии